Atatürk Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 17760 Sayılı Resmi Gazete’de yayınlanarak, 20 Temmuz 1982 tarihinde yürürlüğe giren Yüksek Öğretim Kurumları Teşkilatı Hakkındaki 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kurulmuştur. Fen Bilimleri Enstitüsünde, Atatürk Üniversitesi Fen, Mühendislik, Ziraat Fakülteleri ile Fen Bilimlerine dayalı açılacak fakültelerin bilimlerine dayalı yüksek lisans ve doktora programları yürütülmektedir. Ayrıca birden fazla anabilim dalı ile interdisipliner nitelikte, lisansüstü programlarda mevcuttur. Enstitümüz bünyesinde lisansa dayalı 22 anabilim dalında yüksek lisans, 20 Anabilim dalında doktora ve bir interdisipliner anabilim dalında yüksek lisans programı yürütülmektedir. Enstitümüz bünyesinde yer alan ve Fen Eğitimine dayalı lisansüstü program yürüten anabilim dalları YÖK’ün 13.7.2010 tarihli kararıyla Eğitim Bilimleri Enstitüsüne aktarılmıştır. Enstitümüzde, başvurduğu anabilim dalından farklı programlardan gelen öğrencilere bir yıl süreli “Bilimsel Hazırlık” eğitimi verilmektedir. Ayrıca isteğe bağlı “Yabancı Dil Hazırlık” eğitimde mevcuttur. Enstitümüzdeki tüm eğitimler 2547 sayılı Yükseköğretim Kanununun amaç ve ilkeleri doğrultusunda ve Lisansüstü Eğitim-Öğretim Enstitülerinin Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliği ile Lisansüstü Eğitim ve Öğretim Yönetmeliği hükümleri çerçevesinde yürütmektir.