Bilimsel Araştırma Projeleri (BAP) Koordinasyon Birimine yapılacak olan yüksek lisans ve doktora tez proje başvuruları ders döneminde yapılabilir. Bununla birlikte hakem sürecinden kaynaklı mağduriyetlerin yaşanmaması için tezli yüksek lisans için en geç beşinci yarıyıl içinde; doktora, sanatta yeterlilik ve uzmanlık tezleri için ise yeterlik sınavının başarıyla sonuçlanmasının ardından en geç 3 ay içinde proje başvurusunun yapılması gereklidir. Öğrenci kaynaklı olarak (kayıt silme, başarısızlık vb.) tez çıktısına dönüşmeyen ancak bilimsel çıktıları elde edilmiş lisansüstü veya uzmanlık tez projeleri için, gerekçesinin BAP Komisyonu tarafından uygun görülmesi koşuluyla proje türü temel araştırma projesi olarak değiştirilebilir.