Bitki Koruma Bölümü, 1957 yılında 6990 sayılı kanun ile Kurulan Atatürk Üniversitesi’nin kuruluşunda yer alan iki Fakülteden birisi durumundaki Ziraat Fakültesi’nin “Fitotekni Bölümü” içerisinde eğitim, öğretim ve araştırma faaliyetlerine başlamıştır. Milli Eğitim Bakanlığı’nın 26.03.1968 gün ve 6318 sayılı onayı ile Fitotekni Bölümü içerisinde Bitki Koruma Kürsüsüne, takiben Fakülte Kurulunun 13.05.1977 gün ve 16/3 sayılı kararı ve Üniversite Senatosunun 09.06.1977 gün ve 17/13 sayılı onayı ile de bölüm şekline dönüştürülmüştür. Bölümde lisans eğitimi 1979-1980 eğitim-öğretim yılında başlamış, 1982-1983 eğitim-öğretim yılında da ilk mezunlarını vermiştir. Lisans eğitimi ile birlikte Entomoloji ve Fitopatoloji alanlarında Yüksek Lisans ve Doktora eğitimi de sürdürülmektedir.