Mikrobiyoloji Anabilim Dalının Türkiye’deki kurumsal tarihi İstanbul’da 1842’den 1921’e kadar faaliyet gösteren Askeri ve Sivil Veteriner Okullarında okutulan Mikrobiyoloji dersleriyle başlamış ve sonrasında 1933’de kurulan Yüksek Ziraat Enstitüsü’nün (YZE) bünyesindeki Hayvani Hıfzıssıhha ve Bakteriyologia Enstitüsü’nde Prof. Dr. Karl Beller’in direktörlüğünde öğretime başlamıştır. Böylece ilk olarak İstanbul Üniversitesi ve Ankara Üniversitesi bünyesinde temelleri atılan Veteriner Mikrobiyoloji Anabilim Dalı bugün tüm veteriner fakültelerinde eğitim faaliyetlerinin yanında araştırmalar yaparak çalışmalarına devam etmektedir.
Atatürk Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'da Yükseköğretim Kurulu Başkanlığının 25/01/2000 tarihli Yürütme Kurulu toplantısında 2547 sayılı Kanun’un 2880 sayılı Kanun’la değişik 7/d-2 maddesi uyarınca kurulmuş olup, hala çalışma ve faaliyetlerine aktif bir şekilde devam etmektedir.