İslami İlimler Fakültesi Atatürk Üniversitesi Yönetim Kurulu’nun 21.11.1969 tarih ve 32 sayılı kararına istinaden, Başbakanlık Devlet Planlama Teşkilatının 04.12.1970 tarih ve 16146 sayılı uygundur görüşü ile 12 Mart 1971 tarihinde kurulmuş olup, tedrisata 1971-1972 ders yılında başlamıştır. İslami İlimler Fakültesi 1971 yılında açılmış kendi binasına 1981 yılında taşınmıştır. Fakültenin ilk açıldığı sıralarda öğretim elemanları bir müddet Edebiyat Fakültesinin bir odasında çalışmalarını sürdürmüşler, daha sonra, Tıp Fakültesi Morfoloji binasına geçilmiş, ilk iki yıllık eğitim-öğretim (1971-1973) bu binada sürdürülmüştür. Müteakiben, Tıp Fakültesi Araştırma Hastanesinin zemin katına idare ve sınıflar olarak taşınılmış ve burada 1,5 yıl eğitim-öğretim yapılmıştır. Daha sonra Fakülte idaresi ve akademik personel 1976 yılında İşletme Fakültesi’nin üst katına taşınmıştır. Bu sırada eğitim-öğretim faaliyetleri kısmen Ziraat Fakültesi’nde kısmen de İşletme Fakültesi dershanelerinde sürdürülmüştür. Fakültemiz 1981 yılı başlarında hizmete açılan kendisine ait binada eğitim-öğretim hizmetini sürdürmeye başlamıştır. Eğitim-öğretim faaliyetleri 20 Temmuz 1982’de yayınlanan 42 sayılı kanun hükmündeki kararname ile kurulan İlahiyat Fakültesinde sürdürülmektedir. Halen Fakültede biri eğitim-öğretim binası, diğeri idare binası olmak üzere iki binada eğitim-öğretim faaliyetleri sürdürülmektedir. Fakültede geniş bir içeriğe sahip kütüphane, bilgisayar ve lisan laboratuvarı ile öğrencilerin çağın gerektirdiği metodlarla öğrenim görmelerine çalışılmakla birlikte sosyal yönlerinin gelişmesine katkıda bulunacak çeşitli aktiviteler de düzenlemektedir. Fakülte kuruluş yıllarında üç bölümden oluşmuştur; Tefsir ve Hadis Bölümü Fıkıh ve İslam Hukuku Bölümü İslam Dil ve Edebiyatları Bölümü Daha sonraki düzenlemelerle bölümler şu şekilde yapılandırılmıştır; Kelam ve İslam Felsefesi Bölümü Tefsir ve Hadis Bölümü İslam Medeniyeti ve Sosyal Bilimler Bölümü İlahiyat Fakültelerinin yeniden yapılanma sürecinde 1998-1999 öğretim yılı itibariyle bölümlerin yapısı şu şekildedir; Temel İslam Bilimleri Bölümü Felsefe ve Din Bilimleri Bölümü İslam Tarihi ve Sanatları Bölümü İlköğretim Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi Öğretmenliği Bölümü Fakültemizde 2009-2010 öğretim yılından itibaren; İlahiyat örgün ve II. öğretim programlarında eğitim öğretim faaliyetleri devam ettirilmektedir. Kuruluş esnasında Fakültemiz bünyesinde yer alması amaçlanan Enstitüler şunlardır:
1) Klasik Türk Kültürünü Araştırma Enstitüsü
2) Çağdaş Türk-İslam Kültürünü Araştırma Enstitüsü