Türkiye’de Veteriner Hekimliği öğretimine 1842 yılında askeri veteriner hekim Godlewsky tarafından açılan Askeri Baytar Mektebi ile İstanbul’da başlanmıştır. İlk sivil Veteriner Okulu 1889 yılında yine İstanbul’da kurulmuştur. Askeri ve sivil Veteriner Okulları 1921 yılında birleştirilmiş, 1928 yılında Yüksek Baytar Mektebi adını almıştır. Ankara’da 1933 yılında Yüksek Ziraat Enstitüsü’nün açılmasının ardından, İstanbul’da bulunan Yüksek Baytar Mektebi Ankara’ya nakledilmiştir. Ziraat Vekâleti Vazife ve Teşkilat Kanunu’nun 1937’de yürürlüğe konmasıyla yasada geçen “veteriner” sözcüğüne uygun olarak Baytar Fakültesinin adı “Veteriner Fakültesi” olarak değiştirilmiştir.
Atatürk Üniversitesi Veteriner Fakültesi 30/05/1997 tarih ve 97/9535 sayılı Bakanlar Kurulu Kararnamesiyle Erzurum’da kurulmuş olup, 04 Ağustos 1999 tarihinde de kurucu Dekan olarak Prof. Dr. İsmet PAMİR atanmıştır. Yükseköğretim Kurulu Başkanlığının 25/01/2000 tarihli Yürütme Kurulu toplantısında 2547 sayılı Kanun’un 2880 sayılı Kanun’la değişik 7/d-2 maddesi uyarınca 3 Bölüm, 19 Anabilim Dalı kurulması uygun görülmüştür. Söz konusu bölüm ve anabilim dalları; Veteriner hekimlik alanlarında gerek lisans ve gerekse yüksek lisans eğitim ve öğretiminde söz sahibi olan Avrupa Birliği’ne akreditasyon çalışmalarını Avrupa Birliği adına yürüten Avrupa Veteriner Eğitim Kurumları Birliği (EAEVE) (European Association of Establishments for Veterinary Education) ve Avrupa Veterinerler Federasyonu (FVE) (Federation of Veterinarians of Europe)’nun önerileri doğrultusunda Dekanlığımızın teklifi ile 13/04/2007 tarihli Yükseköğretim Genel Kurulu toplantısında incelenmiş ve 2547 sayılı Kanun’un 2880 sayılı Kanun’la değişik 7/d-2 maddesi uyarınca Fakültemiz bünyesinde 3 olan bölüm sayısı 5, 19 olan Anabilim Dalı sayısı ise 20 olmuştur. Ayrıca Gıda Hijyeni ve Teknolojisi Bölümü bünyesinde Veteriner Halk Sağlığı Anabilim Dalı’nın açılmasıyla Fakültemizde Anabilim Dalı sayısı 21’e çıkarılmıştır.